Besin kaynaklı hastalıkların en yaygın nedeni, biyolojik tehlikelerdir. Biyolojik tehlikeler; besinlere bulaşmış bakteriler, parazitler, küfler, virüsler ve prionlardan kaynaklanır. Besinlerde biyolojik kirliliğin en önemli kaynağını, patojen bakteril