Antibiyotik kullanımına ilişkin olumsuz etkiler başlıca iki grupta toplanabilir. Birincisi halk sağlığına ilişkin tehlikeler (toksik, alerjik, mikrobiyel direnç gelişimi, normal bağırsak florasının bozulması) ve ikincisi de gıda teknolojisine ilişkin s