Takas ile mahsup arasında bir takım farklar vardır. Bu farklardan en önemlisi mahsubun tarh aşamasına ilişkin olmasıdır. Takas ise tahsil aşamasına ilişkindir ve vergi borcunun sona ermesi neticesini doğuran bir işlemdir. Bundan başka mahsupta kesinleş